Pro další vnitropolitický vývoj v Čechách i pro jejich vztah k sousedním německým zemím byla důležité, že v sousedství rozdrobeného Německa stál jednotný a jednotně spravovaný český stát. A ten šel, ve všech ohledech, svou vlastní samostatnou cestou. Úspěchy české náboženské reformace byly ve srovnání s ostatními evroskými národy zcela ojedinělé. Přes celé 15. století na začátku 16. století zaručovaly Čechům spolehlivou základnu pro další klidný náboženský vývoj. Náboženská tolerance a její společenské dúsledky, které byly charakteristickým rysem života v českých zemích, byly vžité. Ani důležitá změna ze spojeni českého státu s habsburskými alpskými zeměmi, nedávala novému panovníkovi v prvních letech jeho vlády možnost, aby se pokusil o jejich změnu. Politická, hospodářská i společenská spolupráce katolických a utrakvistických vrstev, která se během života dvou tří generací v Čechách do začátku 16. stoleti vytvořila, prostupovala všechny vrstvy a stavy. Naštěstí vedla ke vzniku spolehlivé základny nejen pro trvalý mír v náboženských otázkách, ale též k zajištění klidného vnitropolitického vývoje. Tento úspěšný úspěšný rozvoj závisel ovšem do veliké míry na poměru vedoucích feudálních složek českého státu, krále a stavů. A tak počátek k 16. století našel českou politickou veřejnost v etapě jisté sounáležitosti jejich vztahu. Dvě opory feudálního společenského řádu utvořily základnu pro nový politický rozvoj nejen v Če-chách, ale ve svých důsledcích i ve střední Evropě. A to mělo význam pro vývoj západní Evropy k evropskému jihovýchodu.
K Ferdinandovi I.
Volba Ferdinanda I. českým králem byla nejen velikým posílením moci habsburského rodu v Evropě. Vytvořil se silný středoevropský blok, jehož tvůrcem byl český stát. Tak zajistil východní pozici svého mocenského celku. Ale bylo to závažné rozhodnutí české politiky. Šlo o to začlenit největší středoevropský stát do spolupráce s největší evropskou mocností. Proti pronikající turecké invazi do střední Evropy, která měla na české rozhodnutí jistě značný vliv, tak vznikl velmi účinný, hluboký a trvalý obranný val, organizovaný silný mocenský blok západního světa ve střední Evropě. Ani mocenský, ani hospodářský či populační potenciál německých států nelze se silou českých zemí srovnávat. V Německu právě doznívaly výbuchy velkého povstání poddaných. Nebylo vhodné spojit osudy Čech s některou z neklidných německých zemí. Také dynastické spojení s Francii, která po porážce u Pavie musila učinit veliké ústupky vítěznému Karlovi V., by mohlo zavléci český stát do těžkých bojů dvou největších evropských velmocí, a to za krajně nepříznivé celkové situace ve střední Evropě a východní bok ohrožovala turecká invaze v Uhrách. Silné pozice stavovského tábora dávaly důvodnou naději, že německé problémy, vyplývající z odlišné společenské skladby, se českých zemí přímo nedotknou. Prosazování nového pojetí státu a jeho vedení, které podle španělských ideových cílů bylo jak pro Německo, tak i pro české země něčím cizím, zaměstnávalo pak nového císaře po dlouhá léta tak silně, že do českých poměrů nemohl příliš zasahovat ani nepřímo, tedy ani působením na bratra Ferdinanda.
Politika českých stavů
Stavovové měli nejen pevnou oporu v zemských sněmech, které rozhodovaly o výši berní, hlavního zdroje státních financi , ale také ve svých zástupcích ve všech úřadech také záruku, že v praktické berní politice nebudou jednostranně prosazovány jen zájmy panovníkovy. Tato stavovská obrana starých práv i správních metod dosáhla úspěchu již ve třicátých letech, kdy králova snaha rozšířit kompetenci české komory musila ustoupit stavovským protestům a ponechat dosavadní široké pole působnosti české kanceláři, jak v ní stavové prostřednictvím funkce kancléře po dlouhá desítiletí uplatňovali své zájmy
Roky 1546-1547
V těchto letech došlo k prvnímu protihabsburskému povstání v českých zemích. Ve Svaté říši římské v té době probíhala šmalkandská válka mezi katolíky a luterány. Císař Karel V. požádal bratra Ferdinanda I. o pomoc a ten bez souhlasu zemského sněmu svolal zemskou hotovost k tažení za hranice země. Čeští šlechtici ale vypověděli králi poslušnost a vytvořila se měšťansko-šlechtická opozice, která ale byla potlačena.
Varovný hlas Jana z Pernštejna
Stavové sledovali pečlivě a vytrvale činnost všech státních úřadů. Když varovný hlas Jana z Pernštejna, který bez obalu upozorňoval krále na nebezpečí, že ztratí důvěru země, nepřinesl trvalý výsledek, neváhali použit i nejdůraznějších metod. Tvrdý protest zemského sněmu, vyvolaný právě panovníkovou snahou vnést do práce úřadů nové, pro stavy nevýhodné prvky, kulminoval v odmítnutí královské předlohy, a dokonce v rozchodu sněmovníků. Tento solidárni postup stavů byl podstatným prvkem politické sily a státnického zájmu stavovské obce, které ani v pozdějších letech neochabovaly a brzy nato úspěšně překonaly první vážnou mezinárodní krizi.